Los cuartos limpios (en inglés, clean room) son espacios diseñados para tener niveles bajos de contaminación, además de un ambiente controlado en temperatura, humedad, partículas en el aire, flujo de aire, iluminación, etc. Si bien estos espacios son utilizados en industrias especializadas o en centros de investigación científica, lo más importante es que no deben rebasar parámetros previamente establecidos de elementos en el aire, como polvo, microbios, vapores químicos, etc. Para esto, se especifica el número de partículas por metro cúbico.

En la parte operativa, estos cuartos limpios funcionan gracias a sistemas de filtración cuyos procesos quitan totalmente las partículas que pueden contaminar el aire en el área en específico. Estos filtros llamados HEPA, son el corazón de los cuartos limpios, y son los encargados de garantizar un ambiente libre de partículas con precisión extrema. Su revisión y mantenimiento programado es vital para evitar fallas, fugas o un mal funcionamiento. Su instalación debe ser realizada por personal calificado y es importante contar con protocolos de emergencia en caso de que exista una contaminación accidental.